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1Automated Configuration of Schema Matching Tools: A Reinforcement Learning Approach
M. Miazga, D. Abitz, M. Täschner, und E. Rahm. Datenbanksysteme für Business, Technologie und Web (BTW 2025), Gesellschaft für Informatik, Bonn, (2025)
vor 6 Monaten von @scadsfct
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2Computational Engineering of siderocalin to modulate its binding affinity to the antihypertension drug candesartan
K. Vogel, J. Moeller, N. Bozhanova, M. Voehler, A. Penk, J. Meiler, und C. Schoeder. Journal of Structural Biology, 217 (1): 108180 (2025)
vor 6 Monaten von @scadsfct
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2Zero-Shot, Big-Shot, Active-Shot - How to estimate cell confluence, lazily
M. Joas, D. Freund, R. Haase, E. Rahm, und J. Ewald. bioRxiv, (2025)
vor 6 Monaten von @scadsfct
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2A generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond: AUTOENCODIX
M. Joas, N. Jurenaite, D. Prascevic, N. Scherf, und J. Ewald. (Dezember 2024)
vor 7 Monaten von @scadsfct
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1Utilizing transformers on OCT imagery and metadata for treatment response prediction in macular edema patients
S. Vahdati, D. Nagaraj, M. Bryan, S. Moazemi, S. Gründer-Fahrer, und M. Martin. Lecture Notes in Computer Science, Springer Nature Switzerland, Cham, (2023)
vor 8 Monaten von @scadsfct
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1Neuromorphic hardware for sustainable AI data centers
B. Vogginger, A. Rostami, V. Jain, S. Arfa, A. Hantsch, D. Kappel, M. Schäfer, U. Faltings, H. Gonzalez, C. Liu und 1 andere Autor(en). (2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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Neuromorphic
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centers
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2Towards Transparency and Knowledge Exchange in AI-assisted Data Analysis Code Generation
R. Haase. Nature Computational Science, (Oktober 2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Parallel Discrete Convolutions on Adaptive Particle Representations of Images
J. Jonsson, B. Cheeseman, S. Maddu, K. Gonciarz, und I. Sbalzarini. IEEE Transactions on Image Processing, (01.01.2022)Publisher Copyright: © 1992-2012 IEEE..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Netrank: network-based approach for biomarker discovery
A. Al-Fatlawi, E. Rusadze, A. Shmelkin, N. Malekian, C. Ozen, C. Pilarsky, und M. Schroeder. BMC bioinformatics, (29.07.2023)Publisher Copyright: © 2023, The Author(s)..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Is Protein BLAST a thing of the past?
A. Al-Fatlawi, M. Menzel, und M. Schroeder. Nature communications, (11.12.2023)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1The Rad52 SSAP superfamily and new insight into homologous recombination
A. Al-Fatlawi, M. Schroeder, und A. Stewart. Communications biology, (23.01.2023)Funding Information: We gratefully acknowledge support from ZIH of TU Dresden and the BMBF Project scads.ai..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1A numerical solver for active hydrodynamics in three dimensions and its application to active turbulence
A. Singh, {. Suhrcke, P. Incardona, und {. Sbalzarini. Physics of fluids, (01.10.2023)Publisher Copyright: © 2023 Author(s)..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Stability selection enables robust learning of differential equations from limited noisy data
S. Maddu, {. Cheeseman, {. Sbalzarini, und {. Müller. Proceedings of the Royal Society of London : Series A, Mathematical, physical and engineering sciences, (Juni 2022)Publisher Copyright: © 2022 Royal Society Publishing. All rights reserved..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Learning deterministic hydrodynamic equations from stochastic active particle dynamics
S. Maddu, Q. Vagne, und {. Sbalzarini. WorkingPaper, (21.01.2022)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1STENCIL-NET for equation-free forecasting from data
S. Maddu, D. Sturm, {. Cheeseman, {. Müller, und {. Sbalzarini. Scientific reports, (Dezember 2023)Publisher Copyright: © 2023, Springer Nature Limited..
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Efficient Raycasting of View-Dependent Piecewise Constant Representations of Volumetric Data
A. Gupta, U. Günther, P. Incardona, G. Reina, S. Frey, S. Gumhold, und {. Sbalzarini. WorkingPaper, (17.06.2022)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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2Targeting adhesion G protein-coupled receptors. Current status and future perspectives
F. Liessmann, L. von Bredow, J. Meiler, und r. Liebscher, Ines. Structure, (November 2024)
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GPR64
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ADGRG1ADGRG2ADGRG3ADGRG5ADGRG6ADGRG7GPCRsGPR114GPR126GPR128GPR56GPR64GPR97adhesionarea_bigdatadiscoverydrugepligandsmoleculessmallstructuretopic_lifesciencexackyaff
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2Genomic events stratifying prognosis of early gastric cancer
C. Molinari, L. Solaini, F. Rebuzzi, G. Tedaldi, D. Angeli, E. Petracci, D. Prascevic, J. Ewald, E. Rahm, M. Canale und 1 andere Autor(en). Gastric Cancer, (2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Self-supervised machine learning methods for protein design improve sampling, but not the identification of high-fitness variants
M. Ertelt, R. Moretti, J. Meiler, und C. Schoeder. Science Advances, 11 (7): eadr7338 (Juni 2025)
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protein_design
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1Combining machine learning with structure-based protein design to predict and engineer post-translational modifications of proteins
M. Ertelt, V. Mulligan, J. Maguire, S. Lyskov, R. Moretti, T. Schiffner, J. Meiler, und C. Schoeder. PLOS Computational Biology, 20 (3): e1011939 (März 2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1Machine learning application to predict binding affinity between peptide containing non-canonical amino acids and HLA0201
S. Jiang, Z. Su, N. Bloodworth, Y. Liu, C. Martina, D. Harrison, und J. Meiler. (November 2024)
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1Approximating Projections of Conformational Boltzmann Distributions with AlphaFold2 Predictions: Opportunities and Limitations
B. Brown, R. Stein, J. Meiler, und H. Mchaourab. Journal of Chemical Theory and Computation, 20 (3): 1434â1447 (Januar 2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1SuperWater: Predicting Water Molecule Positions on Protein Structures by Generative AI
X. Kuang, z. su, Y. Liu, X. Lin, J. Smith, T. Derr, Y. Wu, und J. Meiler. (November 2024)
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1Computer-Aided Design and Biological Evaluation of Diazaspirocyclic D4R Antagonists
C. Jones, B. Brown, D. Schultz, J. Engers, V. Kramlinger, J. Meiler, und C. Lindsley. ACS Chemical Neuroscience, 15 (12): 2396â2407 (Juni 2024)
vor 9 Monaten von @scadsfct
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1VUStruct: a compute pipeline for high throughput and personalized structural biology
C. Moth, J. Sheehan, A. Mamun, R. Sivley, A. Gulsevin, D. Rinker, J. Capra, und J. Meiler. (August 2024)
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1Structural Studies on the Binding Mode of Bisphenols to PPARγ
A. Useini, I. Schwerin, G. Künze, und N. Sträter. Biomolecules, 14 (6): 640 (Mai 2024)
vor 10 Monaten von @scadsfct
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1Targeting ion channels with ultra-large library screening for hit discovery
K. Melancon, P. Pliushcheuskaya, J. Meiler, und G. Künze. Frontiers in Molecular Neuroscience, (Januar 2024)
vor 10 Monaten von @scadsfct
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1Combining Rosetta Sequence Design with Protein Language Model Predictions Using Evolutionary Scale Modeling (ESM) as Restraint
M. Ertelt, J. Meiler, und C. Schoeder. ACS Synthetic Biology, 13 (4): 1085--1092 (2024)
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1MutationExplorer: a webserver for mutation of proteins and 3D visualization of energetic impacts
M. Philipp, C. Moth, N. Ristic, J. Tiemann, F. Seufert, A. Panfilova, J. Meiler, P. Hildebrand, A. Stein, D. Wiegreffe und 1 andere Autor(en). Nucleic Acids Research, (2024)
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1Modifying immune responses to adeno-associated virus vectors by capsid engineering
M. Bentler, R. Hardet, M. Ertelt, D. Rudolf, D. Kaniowska, A. Schneider, F. Vondran, C. Schoeder, M. Delphin, J. Lucifora und 1 andere Autor(en). Molecular Therapy-Methods & Clinical Development, (2023)
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1Content-adaptive generation and parallel compositing of volumetric depth images for responsive visualization of large volume data
A. Gupta, P. Incardona, P. Hunt, G. Reina, S. Frey, S. Gumhold, U. Günther, und I. Sbalzarini. (Juni 2022)
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1Learning locally dominant force balances in active particle systems
D. Sturm, S. Maddu, und I. Sbalzarini. CoRR, (2023)
vor 11 Monaten von @scadsfct
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1A Distributed Algebra System for Time Integration on Parallel Computers
A. Singh, L. Kraatz, P. Incardona, und I. Sbalzarini. CoRR, (2023)
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1A portable C++ library for memory and compute abstraction on multi?core CPUs and GPUs
P. Incardona, A. Gupta, S. Yaskovets, und I. Sbalzarini. Concurrency and Computation: Practice and Experience, (Juli 2023)
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1Efficient Raycasting of Volumetric Depth Images for Remote Visualization of Large Volumes at High Frame Rates
A. Gupta, U. Günther, P. Incardona, G. Reina, S. Frey, S. Gumhold, und I. Sbalzarini. 2023 IEEE 16th Pacific Visualization Symposium (PacificVis), 19, Seite 61�70. IEEE, (April 2023)
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1Fuzzy simplicial sets and their application to geometric data analysis
L. Barth, Fatemeh, Fahimi, P. Joharinad, J. Jost, J. Keck, und T. Mikhail. (2024)
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1Including glutamine in a resource allocation model of energy metabolism in cancer and yeast cells
J. Ewald, Z. He, W. Dimitriew, und S. Schuster. npj Systems Biology and Applications, (Juli 2024)
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1Better a Microbenchmark on a Cluster than a User at the Office: Flink Cluster Benchmarking
D. Reichelt, L. Meyer, und S. Kühne. Softwaretechnik-Trends Band 39, Heft 3, Seite 52--54. Bonn, Gesellschaft für Informatik e.V., (2019)
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1Big Data Services
L. Meyer, J. Frenzel, E. Peukert, R. Jäkel, und S. Kühne. Service Engineering, Springer Fachmedien Wiesbaden, Wiesbaden, (2018)
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1Machine learning for rupture risk prediction of intracranial aneurysms: Challenging the PHASES score in geographically constrained areas
G. Walther, C. Martin, A. Haase, U. Nestler, und S. Schob. Symmetry, Special Issue: Neuroscience and Molecular Sciences, 14 (5): 943 (Mai 2022)
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1Machine learning algorithms predict canine structural epilepsy with high accuracy
T. Flegel, A. Neumann, A. Holst, O. Kretzschmann, S. Loderstedt, C. Tästensen, S. Gutmann, J. Dietzel, L. Becker, T. Kalliwoda und 4 andere Autor(en). Frontiers in Veterinary Science, (2024)
vor 12 Monaten von @scadsfct
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1Argumentation frameworks induced by assumption-based argumentation: Relating size and complexity
T. Lehtonen, A. Rapberger, M. Ulbricht, und J. Wallner. Proceedings of the Twentieth International Conference on Principles of Knowledge Representation and Reasoning, Seite 440--450. California, International Joint Conferences on Artificial Intelligence Organization, (September 2023)
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1The BOD1L subunit of the mammalian SETD1A complex sustains the expression of DNA damage repair genes despite restraining H3K4 trimethylation
G. Ciotta, S. Singh, A. Gupta, D. Torres, J. Fu, R. Choudhury, W. Chu, C. Choudhary, L. Gahurova, A. Al-Fatlawi und 5 andere Autor(en). (April 2023)
vor 12 Monaten von @scadsfct
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1Improving the modeling of extracellular ligand binding pockets in RosettaGPCR for conformational selection
F. Liessmann, G. Künze, und J. Meiler. Int. J. Mol. Sci., (April 2023)
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1Comparison of atom maps
Interdisciplinary Center for Bioinformatics & Leipzig University, Leipzig, Germany, M. Gonzalez Laffitte, N. Beier, N. Domschke, und P. Stadler. Match (Mulh.), 90 (1): 75--102 (2023)
vor 12 Monaten von @scadsfct
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1Hyperbolic deep learning in computer vision: A survey
P. Mettes, M. Atigh, M. Keller-Ressel, J. Gu, und S. Yeung. (2023)
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1Parallel compositing of Volumetric Depth Images for interactive visualization of distributed volumes at high frame rates
A. Gupta, P. Incardona, A. Brock, G. Reina, S. Frey, S. Gumhold, U. Günther, und I. Sbalzarini. (2022)
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