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1Interpretable Chirality-Aware Graph Neural Network for Quantitative Structure Activity Relationship Modeling in Drug Discovery
Y. Liu, Y. Wang, O. Vu, R. Moretti, B. Bodenheimer, J. Meiler, und T. Derr. Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence, 37 (12): 14356â14364 (Juni 2023)
vor einem Tag von @scadsfct
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2Modeling conformational states of proteins with AlphaFold
D. Sala, F. Engelberger, H. Mchaourab, und J. Meiler. Current Opinion in Structural Biology, (August 2023)
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1Benchmarking AlphaMissense Pathogenicity Predictions Against Cystic Fibrosis Variants
E. McDonald, K. Oliver, J. Schlebach, J. Meiler, und L. Plate. (Oktober 2023)
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1Combining machine learning with structure-based protein design to predict and engineer post-translational modifications of proteins
M. Ertelt, V. Mulligan, J. Maguire, S. Lyskov, R. Moretti, T. Schiffner, J. Meiler, und C. Schoeder. PLOS Computational Biology, 20 (3): e1011939 (März 2024)
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1Self-supervised machine learning methods for protein design improve sampling, but not the identification of high-fitness variants
M. Ertelt, R. Moretti, J. Meiler, und C. Schoeder. (Juni 2024)
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1Template-free prediction of a new monotopic membrane protein fold and oligomeric assembly by Alphafold2
A. Gulsevin, B. Han, J. Porta, H. Mchaourab, J. Meiler, und A. Kenworthy. (Juli 2022)
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1Sampling alternative conformational states of transporters and receptors with AlphaFold2
D. del Alamo, D. Sala, H. Mchaourab, und J. Meiler. eLife, (März 2022)
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2A Multitask Deep-Learning Method for Predicting Membrane Associations and Secondary Structures of Proteins
B. Li, J. Mendenhall, J. Capra, und J. Meiler. Journal of Proteome Research, 20 (8): 4089â4100 (Juli 2021)
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1Autocorrelation descriptor improvements for QSAR: 2DA_Sign and 3DA_Sign
G. Sliwoski, J. Mendenhall, und J. Meiler. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 30 (3): 209â217 (Dezember 2015)
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1Strandâloopâstrand motifs: Prediction of hairpins and diverging turns in proteins
M. Kuhn, J. Meiler, und D. Baker. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 54 (2): 282â288 (Dezember 2003)
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1Towards Generalizable Predictions for the Effects of Mutations on G-Protein Coupled Receptor Expression
C. Kuntz, H. Woods, A. McKee, N. Zelt, J. Mendenhall, J. Meiler, und J. Schlebach. (Dezember 2021)
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1Advancements in Ligand-Based Virtual Screening through the Synergistic Integration of Graph Neural Networks and Expert-Crafted Descriptors
Y. Liu, R. Moretti, Y. Wang, H. Dong, B. Yan, B. Bodenheimer, T. Derr, und J. Meiler. (April 2023)
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1Using Neural Networks for 13C NMR Chemical Shift PredictionâComparison with Traditional Methods
J. Meiler, W. Maier, M. Will, und R. Meusinger. Journal of Magnetic Resonance, 157 (2): 242â252 (August 2002)
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13D Deep Learning for Biological Function Prediction from Physical Fields
V. Golkov, M. Skwark, A. Mirchev, G. Dikov, A. Geanes, J. Mendenhall, J. Meiler, und D. Cremers. 2020 International Conference on 3D Vision (3DV), (November 2020)
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1Computational Methods in Drug Discovery
G. Sliwoski, S. Kothiwale, J. Meiler, und E. Lowe. Pharmacological Reviews, 66 (1): 334â395 (Dezember 2013)
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1BCL::EMAS â Enantioselective Molecular Asymmetry Descriptor for 3D-QSAR
G. Sliwoski, E. Lowe, M. Butkiewicz, und J. Meiler. Molecules, 17 (8): 9971â9989 (August 2012)
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1Benchmarking Peptide Structure Prediction with AlphaFold2
A. Gulsevin, und J. Meiler. (Februar 2022)
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1Machine learning application to predict binding affinity between peptide containing non-canonical amino acids and HLA0201
S. Jiang, Z. Su, N. Bloodworth, Y. Liu, C. Martina, D. Harrison, und J. Meiler. (November 2024)
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1Introduction to the BioChemical Library (BCL): An Application-Based Open-Source Toolkit for Integrated Cheminformatics and Machine Learning in Computer-Aided Drug Discovery
B. Brown, O. Vu, A. Geanes, S. Kothiwale, M. Butkiewicz, E. Lowe, R. Mueller, R. Pape, J. Mendenhall, und J. Meiler. Frontiers in Pharmacology, (Februar 2022)
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1A Novel Method for Guiding Protein-Ligand Docking with QSAR-Derived Pharmacophore Maps
S. DeLuca, und J. Meiler. Biophysical Journal, 100 (3): 394aâ395a (Februar 2011)
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1Sampling alternative conformational states of transporters and receptors with AlphaFold2

2A Multitask Deep-Learning Method for Predicting Membrane Associations and Secondary Structures of Proteins

1Autocorrelation descriptor improvements for QSAR: 2DA_Sign and 3DA_Sign

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